Родился в Египте в половине IV века. Еще в детстве, лишившись отца, он своей матерью был посвящен Богу и в отрочестве, служа клириком церковным, показал себя благочестивым и ревностным исполнителем своих обязанностей.
В зрелом возрасте принял иночество в одном египетском скиту, где долго подвизался, наставляемый святым Памвой (IV в.; память 18/31 июля). Под его опытным руководством преподобный Паисий прошел суровую школу подвижничества, жил в совершенном уединении, три года не видя лица человеческого, изучал Священное Писание, постился, молился и преуспевал во всякой добродетели. По смерти своего учителя преподобный Паисий, уже укрепившийся в подвигах, удалился в глубину пустыни, где иссек себе пещеру, и там в безмолвии служил Господу.
Великие подвижнические труды преподобного Паисия стали привлекать к нему многочисленных последователей из монахов и мирян, и вокруг пещеры возникла иноческая лавра, насельники которой жили под его руководством. Главной иноческой добродетелью преподобный Паисий считал безусловное подчинение личной воли отеческой воле опытных в подвижничестве старцев, которые поучали и руководили новоначальных иноков в трудных аскетических упражнениях. Одних из возлюбивших иноческую жизнь преподобный учил проводить время в молитве и чтении Св. Писания, других заставлял совместно петь и возгревать в себе братскую любовь и единомыслие, иным велел заниматься ремеслами, чтобы они вместе с физическим трудом упражнялись и в добродетели, добывая пропитание не только для себя, но и для бедных. Когда иноческая община была вполне благоустроена, преподобный, стремясь к уединению, удалился в пустыню, прославленную подвигами св. Аммона (IV в.; память 4/17 октября).
Но и здесь великие подвиги и многие чудеса собрали вокруг келлии преподобного Паисия ревнителей благочестия, и возникла новая лавра, которой руководил один из его учеников по его уставу.
За свои великие подвиги преподобный Паисий был удостоен от Господа созерцания небесных тайн. Скончался он в глубокой старости, мощи его, прославленные чудесами, были потом перенесены в Писидию (в Малой Азии).
